물류센터 신축ㆍ임대사업을 영위하기 위해 사업권을 매입하는 경우 매입세액 공제 여부

물류센터 신축ㆍ임대업을 영위하고자 하는 사업자가 다른 사업자로부터 토지 매수인 지위를 포함한 사업권 일체를 매입하는 경우 사업권 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 해당 사업권 대가에 포함된 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용에 대한 매입세액은 공제하지 아니함

• AA시 소재 토지(이하 “본건 사업부지”) 지상에 물류센터 등을 신축‧임대하는 사업(이하 “본건 사업”)을 영위하기 위하여 BBB㈜(이하 “양도자”)와 2019.4.3. 양해각서를 체결하였으며

• 양해각서에 따르면 신청법인은 자본시장법에 따른 전문투자형 사모집합투자기구(이하 “양수자”)를 설정하여 양도자로부터 본건 사업부지의 매수인 지위 및 본건 사업 관련 일체의 권리(이하 “본건 사업권”)를 양수자에게 이전할 예정임

○ 양도자는 2018.12월 본건 사업부지 소유자인 ㈜CCC 및 ㈜DDD(이하 “토지소유자들”)로부터 본건 사업부지를 00억원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하여 계약금만 지급한 상태에서

• 양도자 자신의 책임과 비용으로 지구단위계획 변경, 개발행위 및 건축허가 등을 신청하고 본건 사업을 위한 각종 용역계약 및 인허가 업무를 수행하고 있음

* 건축허가 및 개발행위허가 신청등은 토지소유자들 명의로 신청

* 주요 용역계약(발주_양도자)

계약일자

계약명

계약기간

19.01.07

기술용역계약서

-지구단위계획변경, 지하안전영향평가,

비관리청허가 설계변경

기술용역완료시까지

19.01.31

교통영향평가용역계약

교통영향평가 협의완료시까지

19.01.31

자문계약서

계약체결일로부터 3개월

19.02.25

건축물 설계 용역계약

건축공사 준공까지

19.04.30

용역도급계약서(개발행위허가신청)

2020.4.30.까지

19.06.30

용역도급계약서

-개발행위허가신청(농지전용허가의제, 명의변경허가 포함), 개발행위허가준공

2020.6.30.까지

○ 양도자는 2019.3.5. ㈜PPPP와 양해각서를 체결하여 양도자 또는 양도자가 지정하는 제3자가 본건 사업부지에 신축하는 물류센터를 ㈜PPPP가 10년간 임차하기로 약정함

○ AA시는 2019.7.18. 도시관리계획을 결정하고, 2019.7.28. AA시 도시건축공동위원회 조건부 심의결과를 토지소유자들에게 통지함

○ 신청법인과 양도자간 본건 사업권의 양수도대금은 양도자가 토지소유자들과 체결한 매매계약에 따른 사업부지 매매대금 00억원 외에

• 양도자가 진행 중인 본건 사업과 관련된 각종 용역계약, 인허가. 임대차권리 등 모든 권리*에 대한 대가 000억원으로 산정되었으며

* 사업의 포괄 양수도에 해당하지 아니함을 전제로 질의하였으며, 사업권에 토지를 취득할 수 있는 권리가 포함되었는지 여부는 불분명

• 본건 사업권 대가는 물류센터 준공 후 가치에 대한 감정평가액 000억원(PF담보목적 감정이며 기준시점 2019.7.3.)과 향후 발생하게 될 임대수익 및 신청법인이 설정 예정인 펀드 투자자들의 기대 수익률 등을 모두 고려하여 산정한 것임

2. 질의내용

○ 사업자가 물류센터를 신축‧임대하는 사업을 영위하기 위하여 사업권을 매입하는 경우 사업권 관련 매입세액이 공제대상인지

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화공급의 특례】

⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14. 토지

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액